Otra modalidad es mediante el establecimiento de convenios de colaboración generales y específicos, para lo cual se firman documentos oficiales. Entre los CPI’s con los cuales se han firmado convenios se encuentran: Centro de Investigación y Asistencia Tecnológica y Diseño del Estado de Jalisco (CIATEJ) y el Centro de Innovación Aplicada en Tecnologías Competitivas (CIATEC). Debemos destacar también a la Escuela de Conservación de Occidente, la Universidad Politécnica de Pénjamo, la Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA-La Piedad) y el Centro INAH Guanajuato, entre otras instituciones.

Algunos proyectos académicos se han desarrollado conjuntamente con otras instituciones en el área de Patrimonio Cultural, como por ejemplo el “Estudio y Conservación del Retablo de Purísima de Bustos”, en el que participó el Centro INAH-Guanajuato, el CIO y la ECRO, junto con LADiPA, desde el año 2012.

Con el sector gubernamental se han establecido convenios de colaboración principalmente con ayuntamientos como La Piedad, Zamora y Yurécuaro.

Con la iniciativa privada se han desarrollado proyectos de investigación en el marco de convocatorias y también en programas de sustentabilidad. Adicionalmente, mediante la oferta de servicios especializados se han firmado convenios de colaboración con empresas como: Diatomix S DE RL DE CV, Restaurika SA DE CV, LAPISA SA DE CV, H. Ayuntamiento de Zamora.